STIKES Nani Hasanuddin Makassar diselenggarakan oleh Yayasan Pendidikan Nani Hasanuddin didirikan tanggal 24 September 2003 berdasarkan Akta Notaris Aminah Abdullah, SH Nomor: 4, Ijin operasional berdasarkan SK Mendiknas RI Nomor 107/D/O/2004 tentang Pemberian Ijin Penyelenggaraan Program-Program Studi dan Pendirian STIKES Nani Hasanuddin diselenggarakan oleh Yayasan Pendidikan Nani Hasanuddin di Makassar tertanggal 5 Agustus 2004, beralamatkan di Jalan Perintis Kemerdekaan VIII No. 24 Makassar, Telp/Fax (0411) 582104, menyelenggarakan Enam Program Studi yakni Program Studi S1 Keperawatan dan Profesi Ners, Program Studi S1 Gizi, Program Studi S1 Kebidanan dan Profesi Bidan, Program Studi DIII Keperawatan, Program Studi DIII Kebidanan dan Program Studi DIII Farmasi.
Perpanjangan ijin operasional berdasarkan Surat Mendiknas RI Nomor 3309/D/T/2006 tertanggal 1 September 2006 untuk Program Studi S1 Keperawatan berlaku 4 tahun sejak tanggal diterbitkan dan Surat Mendiknas RI No. 3310/D/T/2006 tertanggal 1 September 2006 untuk Program Studi D III Keperawatan berlaku 3 tahun sejak tanggal diterbitkan. Penyelenggaraan Program Studi D III Farmasi dan D III Kebidanan dilaksanakan berdasarkan Surat Keputusan Dirjen Dikti No. 940/D/T/2007 tentang Ijin Penambahan Program Studi Baru STIKES Nani Hasanuddin Makassar.
Pada tahun 2007, STIKES Nani Hasanuddin Makassar untuk pertama kalinya melakukan akreditasi program studi dan berhasil mengakreditasi program studi dengan terbitnya SK Akreditasi BAN PT No. 005/BAN-PT/Ak-VII/Dpl-III/VII/2007 untuk program studi D3 Keperawatan. Pada tahun 2008, STIKES Nani Hasanuddin Memulai penyelenggaraan Program studi Ners berdasarkan Ijin Penyelenggaraan Program studi Profesi Ners No. 267/D/O/2008 dari Dirjen Dikti. Pada tahun 2010, STIKES Nani Hasanuddin mendapatkan perpanjangan ijin untuk 3 (tiga) program studi masing-masing Program studi D3 Keperawatan dengan No. 2707/D/T/K-IX/2010, program studi D3 Kebidanan dengan No. 2898/D/T/K-IX/2010, dan program studi D3 Farmasi dengan No. 2304/D/T/K-IX/2010.
Pada tahun 2011, STIKES Nani Hasanuddin Makassar mendapatkan perpanjangan ijin untuk program studi S1 Ilmu Keperawatan dengan nomor 6095/D/T/K-IX/2011 dan perpanjangan ijin untuk program studi profesi Ners dengan No. 7608/D/T/K-IX/2011. Pada tahun 2012, STIKES Nani Hasanuddin Makassar kembali memperoleh status terakreditasi untuk Program studi D3 Farmasi dengan No. 034/BAN-PT/Ak-IX/Dpl-III/2012 dan Program studi D3 Kebidanan dengan No. 019/BAN-PT/Ak-XII/Dpl-III/VIII/2012. Pada tahun 2013, STIKES Nani Hasanuddin memperoleh status reakreditasi untuk Program studi D3 Keperawatan dengan No. 167/SK/BAN-PT/Ak-XIII/Dpl-III/VIII/2013. Kemudian STIKES Nani Hasanuddin juga pada tahun yang sama mengusulkan untuk Akreditasi Program studi Ners dengan tanda terima borang akreditasi Ners No. – Tanggal 28 Agustus 2013. Untuk memenuhi tuntutan peraturan pendidikan dengan diterbitkannya UU No. 12 Tahun 2012 tentang Pendidikan Tinggi, maka pada tahun 2014, STIKES Nani Hasanuddin juga telah mengusulkan akreditasi institusi dan berdasarkan Surat Keputusan Ketua BAN-PT Nomor 400/BAN-PT/Akred/PT/V/2014 tangga 15 Mei 2015, Institusi STIKES Nani Hasanuddin Makassar Terakreditasi B dan berlaku sampai dengan tanggal 15 Mei 2020.
Untuk menjamin Kualitas/Mutu Layanan STIKES Nani Hasanuddin Makassar, STIKES Nani Hasanuddin Makassar telah memperoleh Sertifikat ISO 9001:2008 dan IWA 2: 2007 yang diterbitkan oleh BSI Group No. FS 638019 tanggal 28 Juli 2015 dan berlaku s.d 27 Juli 2018. STIKES Nani Hasanuddin Makassar Program S1 Keperawatan dan Profesi Ners pada Bulan Januari 2016 berdasarkan Surat Keputusan No. 0298/LAM-PTKes/Akr/Sar/I/206 dan 0299/LAM-PTKes/Akr/Pro/I/2016 mendapatkan sertifikat Re-Akreditasi dengan Nilai C dari LAM-PTKes dan berlaku sampai dengan 31 Januari 2021. Saat ini STIKES Nani Hasanuddin Makassar sedang mengusulkan untuk Re-Akreditasi Program studi D III Farmasi dan D III Kebidanan.